研究生课程设置分为素养提升平台、能力提升平台、专业深造平台、学术及实践创新平台四个部分，各平台课组及模块如下：

“思政领航，创新导向”研究生课程体系：

l北京市课程思政示范课程《交通运输系统最优化理论与方法》

l博士和工程博士核心课程15门

l学科专业核心课程29门

l本研贯通跨学科高级课程6门

l校企共建课程3门

l全英文研究生课程16门

l国际课程每年3~6门