系统工程与控制研究所（下称系统所）组建于2002年，创建了国内首个交通运输系统工程学科，在我国综合运输与智能交通领域具有重要影响，现有教职工23人，其中教授10人、副教授和高级工程师共8人、讲师4人。

系统所承担控制科学与工程、交通运输工程、物流工程等学科的建设和研究生培养。该所出版的《系统工程》《公共交通规划与运营》等教材在国内广获引用和好评，同时为我国综合交通和智能交通领域培养了大批人才。科学研究以交通运输系统工程、民航运输、智能交通系统、管理与物流系统工程等为核心，年均科研经费约1000万元。在综合运输体系规划、智能交通、城市公交运营调度、电动汽车管理、物流系统工程、民航运输等方面取得了大量研究成果。

系统所还承担交通运输（民航运输）本科专业方向的建设。该方向于2017年被学校列入高招计划，目前已累计招收学生68人，首届学生将于2021年6月毕业。交通运输（民航运输）专业，以交通运输工程学科为背景，为适应民航运输产业发展的需要，培养具有综合运输基础知识的民航运输管理人才。在培养过程中：加强对外合作，与中国民航管理干部学院、中国民航大学空管学院签署了战略合作协议，协力共建；注重综合实践，投资400余万元购置实验设备，支撑综合实验课程；签订“北京交大-美国安伯瑞德航空航天大学3.5+1+1本硕连读合作协议”，拓宽学生发展途径。该专业方向的开设，使学院人才培养从路面交通拓展到了航空，形成铁路、道路、水运、航空等运输方式门类齐全的交通运输人才培养专业体系。